CLS (Cumulative Layout Shift) は「ウェブページを開いてから閉じられるまで」が計測対象です(そのはずです)。
web.dev での CLS のページを引用します。
CLS is a measure of the largest burst of layout shift scores for every unexpected layout shift that occurs during the entire lifespan of a page.
引用元:Cumulative Layout Shift (CLS) ※太字は私が加工しました。
「the entire lifespan of a page」とあるのがその根拠の1つです。
なので、ウェブページの下の方(ファーストビューでない領域)に自動広告が差し込まれて発生したレイアウトシフトも、CLS指標の評価対象となりえます。
であれば、本気で CLS の評価を上げたい場合、自動広告はやめて手動広告にするべき、となります。CLS対策:ページ上部にAdSense自動広告を表示させない で書いた対策を行っても CLS の悪化は避けられないからです。
ただ実際は、自動広告を利用したら必ず CLS の値が不合格レベルに落ちてしまうわけではありません。本サイトも現時点で自動広告を利用していますが、合格レベルの評価を得ています。
サイトによって「合格レベル」を得るための修正量は異なりますが、このレベルさえクリアすれば、自動広告だろうが何だろうが CLS に関してそれ以上の労力を掛ける必要はないと思っています(レイアウトシフトが頻繁に発生して使いにくくなければ)。
参考