Anki の構造的には、各カードとデッキ(単語帳)の関係は希薄だったりしますが、デッキにとって重要なのは「デッキオプション」であると思います。
このデッキオプションですが、デッキを階層構造にすることで、挙動の把握が一気に難しくなります。
親デッキと子デッキで別々のデッキオプションが設定されている場合に、学習のどの項目にどちらが効いているのかがよく分かりません。公式なマニュアルを見ても(英語版も含め)、スケジューラーのバージョンによって挙動が違っている部分があったり、そもそも説明が少なかったりして心が折れそうになります。
ということで、元々1つのかたまりであったデータを、レベルやカテゴリによって複数のデッキに分けたという場合であれば、階層構造はありだと思いますが、それ以外であれば デッキを階層構造にするのはやめておこうというのが今の所の私の結論です。
※ スケジューラー v3 だと、親デッキから学習を始める場合と子デッキから学習を始める場合とで、どちらの設定が適用されるかが分かれるそうです。